IE6のJavaScriptでencodeURIComponentを使ってUTF-8の半角カナを変換し、phpのページにGET経由で送るとEUC-JPになっています。EUCになっているってことに気づくまでかなり時間を要してしまいました。
一応、phpファイルの先頭には
<?php mb_internal_encoding("UTF-8"); mb_http_output("UTF-8"); ?>
とはしていますが。
サーバの設定が基本EUCですので、この辺の原因。php.iniの設定ですかね。mbstring.http_inputあたりが怪しい感じです。明日、調査します。